El Hospital San Rafael, referente en atención pediátrica integral en la Comunidad de Madrid y alta excelencia en adultos, dispone de 169 habitaciones (17 habitaciones tipo suite), UCI Pediátrica y Adultos, 7 Quirófanos generales, 2 paritorios, 1 quirófano de cesáreas, Unidad de Cirugía Ambulatoria, (2 quirófanos y 2 salas de endoscopia), Hospital de Día Quirúrgico, Hospital de Día Oncológico Pediátrico, Sala de Hemodinámica, Urgencias Médico-Quirúrgicas tanto Pediátricas como de Adultos (24 horas), 80 Locales de Consultas Externas (40 especialidades en consultas externas), Centro de Odontología con 18 sillones y formación post-grado. En el área de Radiodiagnóstico: 3 Salas de Radiología convencional, 2 Resonancias Magnéticas, 1 Tac de 64 cortes, Mamógrafo, Densitómetro. Centro de Fisioterapia y Rehabilitación Integral de 2.500 m2. Neuronavegador, Unidad Cardiovascular y Hemodinámica, Unidad de Cirugía Robótica Da Vinci, Cirugía de Láser Prostático, y una amplia Cartera de Servicios Asistenciales con los más acreditados profesionales.
Adicionalmente, depende del Hospital, el Colegio de Educación Especial Hospital San Rafael, con 41 alumnos.