| 1552 | Se funda el antiguo Hospital de Nuestra Señora del Amor de Dios en la calle de su mismo nombre (situada muy cerca de la calle Atocha) por el Hermano Antón Martín. |
| 1892 | San Benito Menni, restaurador de la Orden en España, funda en Pinto el actual Hospital como asilo de niños raquíticos y escrofulosos pobres, con capacidad para 25 niños. |
| 1900 | Se traslada el Hospital hasta el Paseo de las Acacias, 6 en Madrid, abriendo las consultas externas gratuitas, atendiendo a más de 1500 niños. La financiación procedía de los donativos de los madrileños. |
| 1912 | El 8 de marzo se inaugura oficialmente el nuevo Asilo de San Rafael en los Altos del Hipódromo, carretera de Chamartín, con una capacidad de 120 camas para atender a niños con tumores blancos, mal de Pott, raquitismos y parálisis infantil. |
| 1915 | Se declara el Asilo San Rafael como Establecimiento de beneficencia Particular. |
| 1923 | El Asilo se consolida como sanatorio ortopédico, ampliando los servicios existentes con laboratorio, radiología, taller ortopédico y una escuela para niños ingresados. |
| 1934 | Se amplía el Asilo a 250 camas. |
| 1936 | El Asilo es incautado por la Junta de Beneficencia y Asistencia Social, instalándose en el mismo, primero una cárcel de mujeres y más tarde un Hospital Militar (Hospital número 21). En 1939 vuelve a ser Asilo de niños. |
| 1957 | Se inaugura la Escuela de Ayudantes Técnicos Sanitarios (ATS), y se incorporan nuevas ESPECIALIDADES como Oftalmología, Odontología, Otorrinolaringología, Dermatología, Fisioterapia y Laboratorio. |
| 1969 | Se inaugura el actual edificio, denominándose Hospital Infantil San Rafael. |
| 1985 | Se abren los servicios de Urgencias Pediátricas y Cuidados Intensivos Pediátricos (1988). |
| 1997 | Se aborda una reforma y una ampliación profunda del Hospital dotándole de un nuevo bloque quirúrgico, dos UVIS, una pediátrica y otra de adultos, así como reorganización de espacios, logrando un hospital más funcional y operativo. |
| 2000 | Apertura de Urgencias y UCI de adultos. |
| 2002 | Hospital de Día de Oncología Infantil. |
| 2003 | Creación del Instituto de Cirugía Maxilofacial. |
| 2004 | Obtención del Sello de Calidad Europea, a través del modelo EFQM, certificado por Lloyd´s Register Quality Assurance por concesión del Club de Gestión de Calidad. |
| 2005 | Obtención de ISO 14001 en Gestión Ambiental. Inicio de Encuestas de Satisfacción de Clientes. |
| 2006 | Remodelación total de la Planta Primera del Hospital con la creación de una unidad quirúrgica de 30 camas. |
| 2007 | Adquisición de Neuronavegador para intervenciones de Neurocirugía y Traumatología. Adquisición de un segundo equipo de Resonancia Magnética de alto campo. |
| 2008 | Acuerdo con la Fundación La Caixa, para la colaboración en el Programa de Atención Integral a personas con enfermedades avanzadas, vigente actualmente. Remodelación del Colegio de Educación Especial, con la incorporación de una nueva Unidad Docente de Educación Especial infantil. |
| 2009 | Incorporación de la especialidad de Cardiología Intervencionista y Cirugía Cardiaca. Instalación de Sala de Hemodinámica de altas prestaciones. Obtención de sello de excelencia 400+ del modelo EFQ certificado por Bureau Veritas por concesión del Club de Excelencia en Gestión. |
| 2009 | Firma de acuerdo en Julio del 2009, con la Universidad Antonio de Nebrija, Fundación San Juan de Dios y Hospital San Rafael, para el desarrollo docente en el ámbito de Ciencias de la Salud. |
| 2010 | Realización del Plan Estratégico del Hospital San Rafael 2010-2013. Se incorpora la especialidad de Cirugía Torácica a la cartera de servicios. |
| 2011 | Incorporación de la especialidad de Psiquiatría Infantil y renovación del Sello de Excelencia Europea 400+. |
| 2012 | Celebración del 120 aniversario del nacimiento del Hospital San Rafael. |
| 2013 | Inauguración de las nuevas instalaciones del Colegio de Educación Especial Hospital San Rafael. |
| 2014 | Creación de la Unidad de Cirugía Robótica Da Vinci Consulta Medicina del Adolescente Servicio de Obstetricia Servicio de Neonatología Unidad de Diabetes Pediátrica Acreditación del Centro Universitario de Ciencias de la Salud San Rafael-Nebrija, en los postgrados de Odontopediatría, Ortodoncia y Ortopedia Dentofacial, y Ortodoncia Avanzada Canal de YouTube |
| 2015 | Unidad de Medicina del Sueño (Adultos y Pediátrica) |
| 2016 | El Hospital San Rafael elegido Embajador de la Excelencia Europea 2016 |
| 2017 | El Hospital San Rafael recibe el Premio Madrid Excelente a la Confianza de los Clientes. Presencia en linkedin. |
| 2018 | - Renovación del Sello de Excelencia Europea 500+. Perfil en Instagram. |
2019 | - Inauguración del nuevo Centro Odontológico Hospital San Rafael en la C/ Concha Espina, 32. |
2020 | - Remodelación del área de Radiodiagnóstico y Laboratorio. |
