| 1552 | - Se funda el antiguo Hospital de Nuestra Señora del Amor de Dios en la calle de su mismo nombre (situada muy cerca de la calle Atocha) por el Hermano Antón Martín. |
| 1892 | - San Benito Menni, restaurador de la Orden en España, funda en Pinto el actual Hospital como asilo de niños raquíticos y escrofulosos pobres, con capacidad para 25 niños. |
| 1900 | - Se traslada el Hospital hasta el Paseo de las Acacias, 6 en Madrid, abriendo las consultas externas gratuitas, atendiendo a más de 1500 niños. La financiación procedía de los donativos de los madrileños. |
| 1912 | - El 8 de marzo se inaugura oficialmente el nuevo Asilo de San Rafael en los Altos del Hipódromo, carretera de Chamartín, con una capacidad de 120 camas para atender a niños con tumores blancos, mal de Pott, raquitismos y parálisis infantil. |
| 1915 | - Se declara el Asilo San Rafael como Establecimiento de beneficencia Particular. |
| 1923 | - El Asilo se consolida como sanatorio ortopédico, ampliando los servicios existentes con laboratorio, radiología, taller ortopédico y una escuela para niños ingresados. |
| 1934 | - Se amplía el Asilo a 250 camas. |
| 1936 | - El Asilo es incautado por la Junta de Beneficencia y Asistencia Social, instalándose en el mismo, primero una cárcel de mujeres y más tarde un Hospital Militar (Hospital número 21). En 1939 vuelve a ser Asilo de niños. |
| 1957 | - Se inaugura la Escuela de Ayudantes Técnicos Sanitarios (ATS), y se incorporan nuevas ESPECIALIDADES como Oftalmología, Odontología, Otorrinolaringología, Dermatología, Fisioterapia y Laboratorio. |
| 1969 | - Se inaugura el actual edificio, denominándose Hospital Infantil San Rafael. |
| 1985 | - Se abren los servicios de Urgencias Pediátricas y Cuidados Intensivos Pediátricos (1988). |
| 1997 | - Se aborda una reforma y una ampliación profunda del Hospital dotándole de un nuevo bloque quirúrgico, dos UVIS, una pediátrica y otra de adultos, así como reorganización de espacios, logrando un hospital más funcional y operativo. |
| 2000 | - Apertura de Urgencias y UCI de adultos. |
| 2002 | - Hospital de Día de Oncología Infantil. |
| 2003 | - Creación del Instituto de Cirugía Maxilofacial. |
| 2004 | - Obtención del Sello de Calidad Europea, a través del modelo EFQM, certificado por Lloyd´s Register Quality Assurance por concesión del Club de Gestión de Calidad. |
| 2005 | - Obtención de ISO 14001 en Gestión Ambiental. Inicio de Encuestas de Satisfacción de Clientes. |
| 2006 | - Remodelación total de la Planta Primera del Hospital con la creación de una unidad quirúrgica de 30 camas. |
| 2007 | - Adquisición de Neuronavegador para intervenciones de Neurocirugía y Traumatología. Adquisición de un segundo equipo de Resonancia Magnética de alto campo. |
| 2008 | - Acuerdo con la Fundación La Caixa, para la colaboración en el Programa de Atención Integral a personas con enfermedades avanzadas, vigente actualmente. Remodelación del Colegio de Educación Especial, con la incorporación de una nueva Unidad Docente de Educación Especial infantil. |
| 2009 | - Incorporación de la especialidad de Cardiología Intervencionista y Cirugía Cardiaca. Instalación de Sala de Hemodinámica de altas prestaciones. Obtención de sello de excelencia 400+ del modelo EFQ certificado por Bureau Veritas por concesión del Club de Excelencia en Gestión. |
| 2009 | - Firma de acuerdo en Julio del 2009, con la Universidad Antonio de Nebrija, Fundación San Juan de Dios y Hospital San Rafael, para el desarrollo docente en el ámbito de Ciencias de la Salud. |
| 2010 | - Realización del Plan Estratégico del Hospital San Rafael 2010-2013. Se incorpora la especialidad de Cirugía Torácica a la cartera de servicios. |
| 2011 | - Incorporación de la especialidad de Psiquiatría Infantil y renovación del Sello de Excelencia Europea 400+. |
| 2012 | - Celebración del 120 aniversario del nacimiento del Hospital San Rafael. |
| 2013 | - Inauguración de las nuevas instalaciones del Colegio de Educación Especial Hospital San Rafael. |
| 2014 | - Creación de la Unidad de Cirugía Robótica Da Vinci - Consulta Medicina del Adolescente - Servicio de Obstetricia - Servicio de Neonatología - Unidad de Diabetes Pediátrica - Acreditación del Centro Universitario de Ciencias de la Salud San Rafael-Nebrija, en los postgrados de Odontopediatría, Ortodoncia y Ortopedia Dentofacial, y Ortodoncia Avanzada - Canal de YouTube |
| 2015 | - Unidad de Medicina del Sueño (Adultos y Pediátrica) |
| 2016 | - El Hospital San Rafael elegido Embajador de la Excelencia Europea 2016 |
| 2017 | - El Hospital San Rafael recibe el Premio Madrid Excelente a la Confianza de los Clientes. Presencia en linkedin. |
| 2018 | - Renovación del Sello de Excelencia Europea 500+. Perfil en Instagram. |
2019 | - Inauguración del nuevo Centro Odontológico Hospital San Rafael en la C/ Concha Espina, 32. |
2020 | - Remodelación del área de Radiodiagnóstico y Laboratorio. |
| 2021 | - Nuevo canal interno de televisión gratuito, HSR-TV, para pacientes ingresados.
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| 2022 |
-Celebración del 130 aniversario del nacimiento del Hospital Universitario San Rafael. |
